Implementation of the object-relational mapping tool Hibernate in merlin’s framework

Abstract

Nas últimas décadas, a biotecnologia evoluiu em tomo da aplicação de métodos computacionais. Como resultado, ferramentas computacionais, tal como o merlin, surgiram corn a capacidade de prever algumas funções celulares de um organismo específico de acordo corn modificações no genatipo. O merlin é uma ferramenta que permite a reconstrução de modelos metabólicos a escala genómica pan organismos, desde que já tenham seu genoma sequenciado. Contudo, apresenta limitações aos níveis da arquitetura e da gestão da base de dados. Assim, para melhorar a estrutura e gestão da base de dados do merlin, é necessário implementar urna ferramenta de mapeamento de objetos relacional, como o Hibernate. Pretendeu-se resolver as limitações do merlin através da implementação de interfaces de objetos de acesso a base de dados, que utilizam a ferramenta Hibernate para gerir todas as consultas a base de dados. Ao longo desta tese, foram criados serviços, que usam os objetos de acesso a base de dados criados. Nesta tese pretendeu-se implementar o Hibernate na aplicação JavaTmmerlin, aplicando e explorando todas as suas vantagens. Esta implementação teve como objetivo remover as dependencies das base de dados MySQLTme Hz, do c6digo central do merlin. Todo o código desenvolvido esta disponível no reposit6rio merlin 4.0 e pode ser acedido atraves do link https://gitlab.bio.di.uminho.pt/merlin4/merlin-hibernate/tree/dev spereira.

Over the last decades, biotechnology has evolved within application of computational methods. As result, computational tools, such as merlin, emerged with the ability to predict some cellular functions of a specific organism within modifications in the genotype. merlin is a tool that enables the reconstruction of genome-scale metabolic models for organisms, provided that they have their genome sequenced. But it presents limitations at architecture and database management levels. So, to improve the structure and management of merlin’s database it is necessary to implement a relational object mapping tool, such as Hibernate. It was pretended to solve merlin’s limitations within the implementation of database access object interfaces, that are intended to use Hibernate tool to manage all database queries. Throughout this thesis, services that call created database access objects were created. In this thesis it was intended to implement Hibernate in the JavaTMapplication merlin, applying and exploiting all its advantages. This implementation aimed to remove the de pendencies of the MySQLTMand H2 databases from merlin core. All developed code is available in the merlin 4.0 repository and can be accessed through the link https://gitlab.bio.di.uminho.pt/merlin4/merlin-hibernate/tree/dev spereira.